L’équipe dirigeante de MCIS est constitué d’un Président, d’un Secrétaire Général, d’un Directeur chargé de la Communication et des partenariats, d’un Coordinateur Général et d’un Trésorier, épaulé par un collège d’experts des questions africaines.

Composé d’une équipe pluridisciplinaire, MCIS opère selon une organisation souple, articulée autour de cinq structures interdépendantes couvrant chacune une dimension clés des relations internationales de l’Afrique.

Chaque structure est dirigée par un Directeur qui coordonne les travaux des chercheurs associés résidents et non résidents et dont la majorité relève de pays d’Afrique et accessoirement de certains pays d’Europe, d’Asie et d’Amérique.